Teori dergisi Mayıs sayısını "Ergenekon" tertibine ayırdı. Dergide, 5 Kasım 2007 günlü Bush-Tayyip görüşmesinde kararlaştırılan, AB talimatlarıyla hız kazandırılan "Ergenekon" tertibinin iç yüzü belgeleriyle ortaya konuyor. Teori, sözde soruşturmada yaşanan açık ve pervasız hukuksuzluklardan, tertibin siyasal boyutlarına ve hedeflerine tüm yönlerini topluca ele alıyor.
Dergide Arslan Kılıç'ın "CİA kumandalı operasyon ve gerçekler", Emcet Olcaytu'nun "Ergenekon operasyonunda Anayasa'ya aykırılıklar", M.Erman Aslanoğlu'nun "Ergenekon ve Türklerin anayurdu", Mehmet Ulusoy'un "Ulusal Egemenlik ve sandık demokrasisi" başlıklı yazılar ile "sorular ve cevaplar" bölümünde "Perinçek ve Atatürkçülük" konusu ele alınıyor.